故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIPScientificKaijuInvestigationa...

　　空中响起奇怪的声音，人们一个接一个地倒下，并最终消失。出现在前往调查的精英部队GUTS-SELECT队员们面前的是，一波波来袭的外星人军团，以及驾驶着漆黑要赛艇“佐尔加乌斯”的支配者基贝尔斯教授，它妄图扭曲地球的天空。　　奏大等人陷入苦战，这时，一个神秘的女性从天而降，她似乎知道基贝尔斯的事情。拥有着不可思议力量的女人名叫蒂娜丝。她与GUTS-SELECT队员们合作，以守护的使命迎战邪恶的阴谋...

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　　很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。　　一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。　　赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。　　经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。　　在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树...

　　3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。　　最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。　　光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。　　时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。　　但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。　　当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之...

　　时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。　　与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。　　一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。　　挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气...