民国年间，南京接连发生了多桩大案，警官程慈航临危受命，立案侦察。　　程慈航在助手杨玉琼的帮助下，取得证据并抓获绝色女贼李丽兰，但知李的凄惨身世后便网开一面放虎归林。此后李为报程慈航之恩多次协助破案，程慈航也因屡破寄案而声震金陵。严仲甫曾被程慈航责罚而怀恨在心，与前警员沙仲钦多次试谋害程。　　当时政局黑暗，严仲甫即使连赃带证被程抓获，也可安全调离别处，进而成了程的上司，在严仲甫害死程的上司刘敬亭...

重案Ⅵ组成员包括曾克强（李成儒 饰）、季洁（王茜 饰）、江汉（董勇 饰）、白羚（高榕 饰）和黄涛（张林 饰），前三位在破案一线工作多年，后两位刚跨出警校大门。他们在局长（张潮）指示下，侦破了一起起凶杀......